Les Andes patagoniennes, territoire du seul hantavirus connu transmissible entre humains

Ni pandémie, ni « nouveau Covid ». Le virus Andes reste rare et sa transmission entre humains demeure exceptionnelle. Mais depuis les premiers cas d’El Bolsón en 1996 jusqu’au cluster d’Epuyén puis au récent épisode du MV Hondius, tous les foyers documentés convergent vers le même corridor andino-patagonique, entre l'Argentine et le Chili. Une région de forêts, de lacs, de refuges et de grands sentiers qui recoupe aussi certains des hauts lieux du trekking, de l’escalade et du backpacking sud-américain. Une réalité avec laquelle habitants, gardiens de refuges et backpackers apprennent à composer depuis les années 1990.

El Bolsón, Epuyén, Cochamó… bien connus des amateurs de trekking ou d'escalade, ces sites latinoaméricains font aujourd’hui la une. En cause ? La crise du MV Hondius. Le 2 mai 2026, l’OMS est informée d’un foyer de maladie respiratoire sévère à bord de ce navire d’expédition. Parti d’Ushuaia le 1er avril, il compte à bord 147 passagers et membres d’équipage. En quelques jours, les analyses identifient un agent inhabituel pour un épisode maritime, le virus Andes. Une souche d’hantavirus principalement présente en Amérique du Sud, connue pour une particularité rare dans cette famille virale, sa capacité à se transmettre d’une personne à l’autre dans certaines conditions de contact étroit. Au 12 mai, l’ECDC indiquait que la situation restait évolutive ; l’OMS faisait état de plusieurs cas confirmés et de trois décès liés au cluster du navire. 

Vent de panique dans le monde. Est-on menacé d'un Covid bis ? On en est loin. Rappelons qu’il ne s’agit pas ici des hantavirus habituellement évoqués aux États-Unis, au Canada. Mortels dans certains cas, ces derniers sont exclusivement transmis par des rongeurs et ne sont pas considérés comme transmissibles entre humains. En Europe, les hantavirus relèvent encore d’un autre tableau clinique, la fièvre hémorragique avec syndrome rénal, des cas rares, à ce jour. Or l’ECDC rappelle que le réservoir naturel du virus Andes n’est pas présent sur le continent européen, ce qui rend improbable une installation durable du virus dans l’environnement. 

Le virus Andes est donc un cas à part, c’est le seul hantavirus connu pour pouvoir se transmettre de personne à personne, même si cette transmission reste rare et généralement limitée à des contacts proches avec une personne malade. L’ECDC précise de son côté qu’il ne se propage pas comme le Covid-19. Les transmissions humaines documentées exigent le plus souvent des contacts prolongés, rapprochés, souvent dans des lieux fermés. 

La question n’est donc pas de savoir si la Patagonie serait devenue une zone à éviter, mais de comprendre pourquoi les seuls épisodes de transmission interhumaine d’un hantavirus se concentrent presque tous dans un même couloir de montagnes, de forêts, de lacs et de villages, entre le sud du Chili et la Patagonie argentine. Un bref retour sur les cas étudiés est éclairant.

En Argentine : du cas d'El Belson à celui d'Epuyen

El Bolson, le premier foyer connu

En 1996, El Bolson - ville de la province de Río Negro située dans la cordillère andine, à une quarantaine de kilomètres d’Epuyén - devient le point de départ du premier foyer reconnu où des indices épidémiologiques suggèrent une transmission d’homme à homme du virus Andes. 16 cas liés sont impliqués, selon l’étude publiée en 2020 dans le New England Journal of Medicine. Pour la première fois les scientifiques mettent alors en évidence que la contamination peut passer par des relais interhumains. 

Epuyen, la flambée de virus Andes

Vingt-deux ans plus tard, le même territoire revient au centre de la recherche mondiale. Entre novembre 2018 et février 2019, Epuyén, village de Chubut situé dans la même « comarca andina », connaît une flambée de virus Andes. 34 infections sont confirmés, 11 personnes y perdront la vie. L’épisode commence après une introduction unique du virus depuis son réservoir animal vers l’humain, puis se développe par chaînes de transmission entre personnes. L’étude du NEJM montre que trois personnes symptomatiques ont généré 64 % des cas secondaires.

Epuyen reste un cas d'école dont les chercheurs ont pu retracer l’évolution. Le patient index, déjà fébrile, assiste le 3 novembre 2018 à une fête d’anniversaire réunissant environ cent personnes. Il y reste une heure et demie. Cinq personnes tombent malades 17 à 24 jours plus tard. Un deuxième patient contamine ensuite six personnes. Sa conjointe, fébrile au moment de sa veillée funèbre, est associée à dix infections supplémentaires. Les périodes d’incubation observées vont de 9 à 40 jours, et les analyses génomiques montrent des séquences virales quasi identiques, compatibles avec des transmissions successives entre humains. 

La flambée est violente, terriblement meurtrière, mais la réponse des autorités est rapide. Après 18 cas confirmés, l’isolement des malades et l’auto-quarantaine des contacts à risque est imposée. Selon l’étude du NEJM, le nombre reproductif médian estimé passe de 2,12 avant les mesures de contrôle à 0,96 après leur mise en œuvre. Jusqu’à 142 personnes ont ainsi été isolées à différents moments dans cette petite localité, avec surveillance clinique quotidienne, soutien psychologique et mesures de protection respiratoire. Résultat, aucun professionnel de santé mobilisé dans le dispositif principal n’a été infecté une fois les protocoles stricts en place. Un point qui explique pourquoi l’expérience d’Epuyén est aujourd’hui regardée comme un modèle de contrôle local dont on doit aujourd’hui s’inspirer. Sans dramatiser pour autant.

En effet, ces cas ne signifient pas que le virus Andes se transmet facilement. Ils montrent plutôt l’inverse. Lorsqu’il passe d’une personne à l’autre, il le fait dans des circonstances assez spécifiques. A savoir, des contacts étroits. Aussi le CDC recommande-t-il d’éviter les baisers, les contacts sexuels, le partage de boissons, cigarettes, vapes ou couverts avec une personne susceptible d’être infectée, et de maintenir une distance avec les malades. 

Pourquoi le virus Andes est-il concentré dans un corridor andino-patagonique ?

Le premier facteur est écologique. Le virus Andes circule dans un réservoir animal, celui du ratón colilargo ou souris à longue queue, l'longicaudatus. Ce rongeur vit dans les forêts tempérées, les zones de broussailles, les lisières, les bambouseraies andines, les abords de maisons rurales, de hangars, de cabanes et de campings. Le ministère chilien de la Santé rappelle que l’infection humaine se fait d’abord par contact avec des souris sauvages de « cola larga » porteuses du virus, ou avec des surfaces contaminées par leur urine, leurs excréments ou leur salive. 

Le deuxième facteur est géographique. Les zones les plus concernées ne correspondent pas à toute l’Amérique latine, ni même à toute la Patagonie. Elles dessinent surtout un corridor andino-patagonique entre l’ouest de l’Argentine et le sud du Chili. Côté argentin, les provinces les plus citées pour la souche Andes transmissible entre humains sont Chubut, Río Negro et Neuquén. Côté chilien, les régions d’Araucanie, Los Ríos, Los Lagos et Aysén appartiennent au même ensemble écologique comprenant des forêts humides, des lacs, des volcans et vallées encaissées, des zones de forte interface entre habitats humains et habitats de rongeurs. 

Le troisième facteur est social. L’étude du NEJM insiste sur le fait que la proximité génétique entre la souche Epuyén 2018-2019 et la souche Epilink 1996 ne suffit pas à expliquer l’ampleur de ces deux foyers. Les auteurs soulignent le rôle des conditions sociales. En cause, les rassemblements, les contacts nombreux, une vie communautaire, des soins familiaux et une intense circulation entre villageois.

Des zones contaminées très prisées des trekkeurs, et des grimpeurs

Les régions concernées par le virus Andes ne sont pas seulement des zones de vie rurale. Ce sont aussi certains des territoires les plus fréquentés d’Amérique du Sud pour le trekking, l’escalade, le kayak, le bikepacking ou le bivouac. En Argentine, la Huella Andina, premier grand sentier de longue distance du pays, traverse précisément Neuquén, Río Negro et Chubut. Le tracé relie le lac Aluminé au lac Baguilt, sur environ 570 kilomètres, et traverse ou dessert cinq parcs nationaux : Lanín, Nahuel Huapi, Los Arrayanes, Lago Puelo et Los Alerces. Huella Andina - Site officiel du grand sentier patagonique argentin

Dans ce même couloir, El Bolsón et Lago Puelo constituent l’un des grands bassins de randonnée de Patagonie nord. Les refuges Cajón del Azul, Hielo Azul, Natación, Dedo Gordo ou Piltriquitrón attirent chaque été des marcheurs argentins, chiliens et étrangers. Bariloche et le parc national Nahuel Huapi concentrent d’autres classiques de montagne. A commencer par les refuges Frey, Jakob, Laguna Negra ou encore López. L’itinérance, le bivouac et l’escalade y sont très populaires. Plus au nord, San Martín de los Andes et le parc national Lanín constituent une autre porte d’entrée majeure vers les forêts andines, les lacs et les volcans. 

Côté chilien, on pense à Pucón, Villarrica, Huerquehue, Puerto Varas, Cochamó, Futaleufú et la Carretera Austral. Sans parler bien sûr de la vallée de Cochamó, connue des grimpeurs pour ses grandes parois de granite. Souvent comparée au Yosemite, elle se trouve dans la région de Los Lagos, au cœur d’une forêt humide où se croisent campings, refuges et hébergements communautaires. Nombreux sont les grimpeurs qui y font de longs séjours. Plus au sud, la Route des parcs de Patagonie relie 17 parcs nationaux entre Puerto Montt et le cap Horn, dont Pumalín Douglas Tompkins, Queulat et Patagonia National Park. Son succès est croissant auprès des randonneurs et des bikepackers. 

De quoi inquiéter les voyageurs tentés par cette fabuleuse zone d'exploration ? Non, les grands sentiers ne sont pas des « foyers » de transmission interhumaine. Le risque principal reste environnemental. A savoir inhaler des particules contaminées par des rongeurs dans une cabane, un hangar, un refuge fermé longtemps, un local de stockage, une zone de camping ou un bâtiment mal ventilé. Le virus n’est pas associé à la marche en plein air elle-même, mais aux interactions entre humains et rongeurs, dans des espaces clos ou semi-clos.

Renforcement des campagnes de prévention à l’attention des adeptes de l’outdoor

Depuis les années 1990, le Chili cible explicitement les personnes qui vont « de camping ou de paseo al aire libre ». Les campagnes officielles recommandent de choisir des campings autorisés, d’utiliser des tentes avec tapis et fermetures et sans trous, de choisir des lieux propres et dégagés, de marcher uniquement sur les sentiers balisés, de stocker aliments et eau dans des contenants hermétiques, de jeter les déchets dans des conteneurs fermés et de consommer seulement de l’eau potable, embouteillée ou bouillie. 

Les messages argentins sont parfois encore plus détaillés. En janvier 2026, le ministère de la Santé de Río Negro rappelait aux « caminantes » de Bariloche, El Bolsón et la région de marcher de jour si possible, avec des chaussures fermées, d’éviter les zones de végétation dense, de ne pas explorer les cabanes abandonnées ou les lieux avec traces de rongeurs, de faire les pique-niques dans des zones dégagées à herbe courte. Avant d’entrer dans un lieu fermé depuis longtemps, elle recommandait d’utiliser un masque N95 ou N99, une protection oculaire, d’aérer 60 minutes, puis de pulvériser abondamment une solution d’eau de Javel à 10 % et de laisser agir 30 minutes avant de nettoyer. Le même texte précise que la variante circulant en Patagonie peut se transmettre de personne à personne. 

Au Chili, la campagne 2024-2025 rappelle que le risque augmente au printemps et en été, en raison du déplacement accru des visiteurs dans les zones rurales, les champs et les forêts, et de l’augmentation des activités de plein air. Les recommandations sont précises : aérer au moins 30 minutes les lieux restés fermés longtemps, utiliser masque et gants pour nettoyer, ramasser des fruits ou débroussailler, maintenir les extérieurs sans déchets ni broussailles, stocker aliments et eau dans des contenants hermétiques et protéger les espèces qui contrôlent naturellement les rongeurs (renards, couleuvres et chouettes). 

Des points encore en suspens

Le cluster du MV Hondius a renforcé cette vigilance, sans modifier le constat de fond. L’hypothèse actuelle des autorités européennes est qu’au moins un passager a été exposé au virus Andes en Argentine ou au Chili avant d’embarquer, puis que des transmissions à bord ont pu se produire entre passagers. L’origine exacte du foyer du MV Hondius reste toutefois à établir. Les autorités argentines ont étudié l’hypothèse d’une exposition en Terre de Feu, notamment autour d’Ushuaia, mais les autorités sanitaires locales rappellent qu’aucun cas d’hantavirus n’a été recensé historiquement dans cette province et que les conditions écologiques de l’île ne correspondent pas à celles de la Patagonie nord andine. Le directeur de l’épidémiologie et de la santé environnementale de Terre de Feu a rejeté l’idée d’un foyer local avéré, tout en indiquant que le couple néerlandais pourrait avoir été infecté plusieurs semaines plus tôt dans une région montagneuse de Patagonie. Le ministère argentin de la Santé n’a pas exclu formellement la Terre de Feu au stade initial, mais a rappelé qu’aucun cas n’y avait été déclaré depuis que la maladie est à déclaration obligatoire. 

Le virus Andes n’est donc pas « partout » en Patagonie. Les zones les plus cohérentes avec les cas historiques de transmission interhumaine restent la Patagonie andine nord et centrale, de part et d’autre de la frontière argentino-chilienne. L’impact sur les activités outdoor reste donc minime, et se traduit principalement par une généralisation des gestes de prévention. Dans la comarca andina, beaucoup d’habitants ont appris à « vivre avec le hanta ». Pour les pratiquants d'outdoor, cela se traduit par des recommandations simples mais spécifiques et par la précaution de consulter rapidement en cas de fièvre, douleurs musculaires, symptômes digestifs ou respiratoires après un séjour en zone à risque.

À ce stade, les autorités sanitaires européennes insistent sur un point : le risque pour la population générale en Europe reste très faible. Le virus Andes ne se transmet pas facilement entre humains, son réservoir animal n’est pas installé en Europe, et les mesures d’isolement et de suivi sont jugées capables de limiter les chaînes de transmission. Pour les voyageurs, le message est plus pragmatique qu’alarmiste : dans les Andes patagoniennes, la prévention du hantavirus fait désormais partie de la culture du voyage en forêt. A prendre en compte au même titre que la météo, le feu ou l’eau potable. Le sujet mérite d’être pris au sérieux, sans être transformé en mythe noir de la Patagonie.